1、相比于传统的扦插、嫁接，组织培养需要具备的条件更高些，而且对设备也有一定的要求，培养时要保证无菌的环境，需要一定的投入，并不是随便在某个角落就能够轻松的完成的。

  2、组织培养首先要准备合适的培养基，但是一种植株的品种很难找到合适的培养基，需要逐渐的实验筛选，有一定的周期。这也给组织培养的普及，带来一定的困扰。

  3、组织培养较大的难点就是降低组培苗的污染率和提升组培苗移栽的成活率，组织培养虽然能够培养出很多幼苗，但是适应环境的能力还是有一定要求的，整体的技术和实践要求进而限制了组织培养的普遍应用。